Na nossa legislação vigente não há proibição para o pagamento de horas no que tange a essa jornada.
Contudo é extremamente desaconselhável que o empregado que cumpra jornada de trabalho 12×36 faça prorrogação da sua jornada de trabalho.
Digo isso, porque deverá ser observada as 36 horas de descanso até o início de uma nova jornada.
Nesse caso o empregado poderá até fazer horas extras, contudo deverá ser observado o período de descanso para que não prejudique a saúde dos colaboradores ao trabalharem por muitas horas nesta jornada que já é extensa.