A resposta é SIM.
É direito do empregado que todos os valores recebidos no salário, seja integrado em seu salário.
Da mesma forma, o FGTS deve ser recolhido em cima do valor total e não apenas do que está registrado na CTPS.
Caso a empresa esteja efetuando pagamento por fora, o empregado poderá cobrar as diferenças salariais e reflexos das verbas no Poder Judiciário.